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Text File  |  1995-03-04  |  2.9 KB  |  57 lines
  1. ******************************************************************
  2. * Bacterial hexapeptide-repeat containing-transferases signature *
  3. ******************************************************************
  4.  
  5. On the basis of sequence similarity,  a number  of bacterial transferases have
  6. been proposed [1,2,3,4] to belong to a single family. These proteins are:
  7.  
  8.  - Serine  acetyltransferase  (EC  2.3.1.30)  (SAT)  (gene  cysE),  an  enzyme
  9.    involved in cysteine biosynthesis.
  10.  - Azotobacter  chroococcum  nitrogen  fixation  protein  nifP.  NifP  is most
  11.    probably a SAT involved in the optimization of nitrogenase activity.
  12.  - Escherichia coli  thiogalactoside   acetyltransferase  (EC 2.3.1.18)  (gene
  13.    lacA), an enzyme involved in the biosynthesis of lactose.
  14.  - UDP-N-acetylglucosamine  acyltransferase   (EC 2.3.1.129)  (gene  lpxA), an
  15.    enzyme involved in the biosynthesis of lipid A, a phosphorylated glycolipid
  16.    that anchors the lipopolysaccharide to the outer membrane of the cell.
  17.  - UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl]  glucosamine  N-acyltransferase  (EC  2.3.1.-)
  18.    (gene lpxD or firA), which is also involved in the biosynthesis of lipid A.
  19.  - Chloramphenicol  acetyltransferase (CAT) (EC 2.3.1.28)  from  Agrobacterium
  20.    tumefaciens,  Bacillus sphaericus,  Escherichia coli  plasmid  IncFII NR79,
  21.    Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus plasmid pIP630. These CAT are
  22.    not  evolutionary related  to  the  main  family  of  CAT (see the relevant
  23.    section).
  24.  - Rhizobium nodulation protein nodL. NodL is an acetyltransferase involved in
  25.    the O-acetylation of Nod factors.
  26.  - Escherichia  coli  succinyldiaminopimelate  aminotransferase  (EC 2.6.1.17)
  27.    (gene dapD)   which  catalyzes  the  third  step  in  the  biosynthesis  of
  28.    diaminopimelate and  lysine  from  aspartate semialdehyde.
  29.  - Escherichia    coli    N-acetylglucosamine-1-phosphate    uridyltransferase
  30.    (EC 2.7.7.23)  (gene  glmU),  an enzyme involved in the biosynthesis of the
  31.    peptidoglycan.
  32.  - Bacillus tms protein, which is highly similar to Escherichia coli glmU.
  33.  
  34. These proteins have been shown [3,4] to contain a repeat structure composed of
  35. tandem repeats of a [LIV]-G-x(4) hexapeptide.   Our signature pattern is based
  36. on a fourfold repeat of this hexapeptide.
  37.  
  38. -Consensus pattern: [LIV]-[GAED]-x(2)-[STAV]-x-[LIV]-x(3)-[LIVAC]-x-[LIV]-
  39.                     [GAED]-x(2)-[STAV]-x-[LIV]-[GAED]-x(2)-[STAV]-x-[LIV]-
  40.                     x(3)-[LIV]
  41. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: human elastin.
  43.  
  44. -Expert(s) to contact by email: Roy P.H.
  45.                                 2020000@saphir.ulaval.ca
  46.  
  47. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  48.  
  49. [ 1] Downie J.A.
  50.      Mol. Microbiol. 3:1649-1651(1989).
  51. [ 2] Parent R., Roy P.H.
  52.      J. Bacteriol. 174:2891-2897(1992).
  53. [ 3] Vaara M.
  54.      FEMS Microbiol. Lett. 97:249-254(1992).
  55. [ 4] Vuorio R., Haerkonen T., Tolvanen M., Vaara M.
  56.      FEBS Lett. 337:289-292(1994).
  57.